• Source: AFM_Report_Covid19_Origins_20250401.pdfArchived: July 17, 2026
• Rapport du Groupe de Travail :
• « De l’Origine du SARS-CoV-2 aux risques de zoonoses et de manipulations dangereuses de virus »
• Le contexte
• Première hypothèse : Le SARS-CoV-2 existerait dans la nature ?
• Première hypothèse : Recommandations face aux risques zoonotiques
• Deuxième Hypothèse : Un accident de laboratoire avec un virus génétiquement modifié ?
• Deuxième Hypothèse : Un accident de laboratoire avec un virus génétiquement modifié ?
• Les risques liés aux manipulations dangereuses de virus
• La responsabilisation des chercheurs face aux questions éthiques : la culture du risque
• Les problèmes de Biosécurité et de Bioprotection
• La mise à jour et le contrôle des procédures au niveau national et européen
• Conclusions

§Source: AFM_Report_Covid19_Origins_20250401.pdf
Archived: July 17, 2026

Académie nationale de médecine : 1er avril 2025

§Rapport du Groupe de Travail :

§« De l’Origine du SARS-CoV-2 aux risques de zoonoses et de manipulations dangereuses de virus »

Rapporteur(e) : C. Rouzioux

Participants au groupe de travail: P. Berche, P. Binder, F. Bricaire,

Y. Buisson, B. Charpentier, E. Decroly, JF. Delfraissy.

§Le contexte

Pour la construction de ce rapport, nous sommes partis des faits, observés dés le début de la crise Covid et avons identifié plusieurs niveaux de risques qui persistent largement, de façon à pouvoir proposer des actions

Cinq ans après le début de la pandémie, l’origine du SARS-CoV-2 est encore une énigme.

L’hypothèse de l’origine naturelle du virus reste opposée à celle d’un accident de laboratoire avec un virus génétiquement modifié, en Chine à Wuhan, qui est l’épicentre de la pandémie.

Le débat continue parmi les scientifiques, ce d’autant qu’aucune preuve formelle n’a été obtenue à ce jour.

L’extension de la pandémie a surpris le monde entier par la rapidité de sa propagation, conduisant à une pandémie des plus sévères jamais connues, avec plus de 20 millions de morts dont 168 000 en France, sans compter les très nombreuses conséquences économiques et les bouleversements sociaux encore en cours.

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§Première hypothèse : Le SARS-CoV-2 existerait dans la nature ?

Les faits : Il était légitime de rechercher un animal intermédiaire comme dans les précédentes épidémies de SARS-CoV et MERS-CoV, de 2003 et 2012, dues à des virus de chauve-souris transmis via un animal intermédiaire (la civette et le dromadaire). Les laboratoires WIV et CDC à Wuhan sont des centres spécialistes des coronavirus de chauve-souris

• Argument : Des résultats de détection de portions de séquences du virus, de séquences animales associées à de séquences humaines f, à partir de prélèvements environnementaux (sur chariots, sols et autres) effectués in janvier 2020 dans le marché aux animaux (sans possibilité d’attribuer l’infection à l’homme ou à un animal).

Les séquences virales des 1ères infections humaines étaient très homogènes, très peu de mutations qui se seraient accumulées avec un virus circulant au sein d’une espèce animale

A ce jour, aucun d’animal intrermédiaire n’a été identifié,

Le Constat : Des problèmes de rétention d’informations :

• Pas de partage de données virologiques, peu d’études de surveillance épidémiologiques ;

• Les autorités chinoises ont été débordées : Pas de transparence sur le nombre de morts en Chine ?

(hôpitaux de campagne et crématoriums surchargés dans les provinces).

§Première hypothèse : Recommandations face aux risques zoonotiques

Les risques persistent voire augmentent : réchauffement climatique, déforestation, interventions humaines

• Les chauves-souris : véritables réservoirs de virus (Des travaux se poursuivent en Chine)

• L’épidémie H5N1 chez les bovins aux USA, (Problèmes de la gestion de l’épidémie) :

• Les épidémies en cours : Dengue, Zika, Chikungunya, Oropouche, Marbourg, MPox …

Propositions d’actions et Recommandations : Ne pas attendre qu’une épidémie démarre :

Cordonner la surveillance des émergences est une priorité : (rôle +++ de SPF ) incluant tous les acteurs en santé humaine et animale : INSERM, CNRS, ANRS-MIE, INRAe, Hôpitaux, Universités, ANR

• Renforcer divers niveaux de surveillance de circulations de virus humains et de virus animaux (malades ou non)

• Disposer dans ces réseaux des outils de technologies avancées

• Renforcer des banques d’échantillons et des bases de données harmonisées;

• Considérer les données comme des biens communs (séquences virales , modélisation de l’épidémie)

les rendre accessibles et les partager entre chercheurs

Face aux risques de zoonoses : Renforcer nos moyens techniques, financiers, humains

afin de les anticiper en coopération avec des réseaux Européens et Internationaux.

§Deuxième Hypothèse : Un accident de laboratoire avec un virus génétiquement modifié ?

spike

SARS-CoV-2

Le SARS-CoV2 : est un sarbécovirus, proche de nombreux virus de chauve-souris

dès feb 2020 identification d’une séquence du site de clivage de la furine

Or , Il n’y a pas de sarbécovirus connu avec un tel site de clivage;

par contre des expériences de GOF (Gain de fonction) peuvent permettre l’inclusion de séquences dans le génome viral et modifier les propriétés biologiques

induisant notamment une forte affinité pour les cellules humaines

et une forte infectiosité du virus.

C’est un nouveau sarbécovirus qui n’a pas été identifié à ce jour dans la nature et dont on ne connait pas le virus ancestral

Le virus s’est révélé hautement contagieux :

Rôle très important des formes asymptomatiques très contagieuses

via des aérosols riches en virus

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§Deuxième Hypothèse : Un accident de laboratoire avec un virus génétiquement modifié ?

Les faits rapportés : Des expériences génétiques d’insertion du site de clivage de la furine dans la séquence de coronavirus, par technique de GOF, étaient l’objet d’un programme de recherches, en coopération entre des équipes américaines et chinoises, avec des manipulations à Wuhan, en laboratoires BSL2 (niveau insuffisant de bioprotection du personnel et de l’environnement en cas d’aérosols).

Plusieurs enquêtes (US) ont montré que des incidents se sont aussi produits antérieurement

dans les laboratoires de Wuhan dès l’année 2018 (confer le discours de Mr Xi Jinping en janvier 2019) :

• Problèmes, de gestion des animaleries (manipulation d’animaux infectés en labo BSL2).

• Manque de matériel de protection du personnel et problèmes d’élimination des déchets…

• En sept 2019, des incidents non déclarés par des personnels atteints de pneumopathies (tubes jetés!).

• Des fichiers informatiques inaccessibles

• Des retards à déclarer les 1ères infections hospitalisées

(Non respect des accords internationaux).

§Les risques liés aux manipulations dangereuses de virus

Les possibilités de manipulations génétiques en virologie sont désormais nombreuses , facilement accessibles.

de plus en plus utilisées, elles induisent de nombreux risques liés aux outils :

Culture de virus : modèles cellulaires

Clonage des génomes

Développement de modèles animaux

Expériences de gain de fonction

Risques biologiques

Risques liés aux passages en série sur cultures cellulaires de virus ou de virus chimériques

à pouvoir infectieux inconnu : Possibilités d’atténuation ou de sélection de variants plus infectieux.

Risques liés aux expériences d’infections d’animaux infectés y compris des transgéniques humanisées

Pour tester le pouvoir pathogène, ou étudier les réponses aux antiviraux ou à la vaccination. (aérosols)

Risques liés aux manipulations génétiques :

• Les techniques de GOF (gain de fonction) ou LOF (

• La synthèse de virus infectieux à partir de leur séquence génétique,

• La reconstruction de virus éradiqués.

Risques liés aux avancées technologiques peuvent être associées à de puissants outils informatiques

incluant des outils tel Alphafold et/ou d’IA dont les limites difficiles à entrevoir

§La responsabilisation des chercheurs face aux questions éthiques : la culture du risque

Une préoccupation : Les risques liés à ce type de recherches sont sous-estimés par certains chercheurs

Un exemple à suivre : IP avec un Comité d’éthique scientifique pour les projets jugés à risque :

(blocages possibles, avant, pendant, jusqu’à la publication des résultats).

Propositions d’actions et Recommandations :

• Objectif : Instaurer une culture d’évaluation des risques, par une formation spécifique des étudiants et des chercheurs :

• Former aux questions de responsabilités : estimer les risques avant de commencer un projet

• Former aux questions éthiques : Quelle sera la portée des résultats? Pos ou Neg?

• Sensibiliser les EPST :

Créer dans chaque Institution (ex IP) une instance éthique et scientifique

Envisager organisation en réseau

• La Déclaration des accidents/incidents : données incomplètes. Être incitatif , voire obligeant à les déclarer

Il faudrait disposer d’une base de données nationale, pour l’exploitation des retours d’expérience

(actions incitative et non punitives : Ex en Belgique).

§Les problèmes de Biosécurité et de Bioprotection

Une autre préoccupation actuelle est liée à l’augmentation d’accidents et incidents liés aux erreurs de manipulations :

(Plusieurs exemples encore récents : virus grippaux , aérosols)

• Dans le monde un nombre croissant de laboratoires BSL-3 et BSL-4 depuis la pandémie,

y compris ans des pays sans procédures encore élaborées

• En France, le nombre exact de laboratoires de niveau BSL3 n’est pas connu

(Universitaires, EPST, Industrie Armées…) donc aucun contrôle possible.

• Aux USA : des centaines de labos BSL3 récents non répertoriés

(A. Chan) : on ne sait qui fait quoi? Sur quels virus? Avec quels objectifs?

Propositions d’actions et Recommandations :

Une formation aux manipulations avec des guides techniques incluant les procédures adaptées aux contraintes de biosécurité devrait être développée dans tous les laboratoires type BSL2, BSL3 , BSL4) : ex

• règles de manipulations de pathogènes (PPP),

• règles d’usage et de maintenance des appareils et équipements,

• règles en animaleries (nécessité de confinement : aérosols produits par les animaux infectés)…

Améliorer la culture de sécurité biologique dans les laboratoires de recherches.

Déployer des boites noires biologiques dans les laboratoires BSL3 et BSL4.

§La mise à jour et le contrôle des procédures au niveau national et européen

Le classement des laboratoires en niveau BSL3: le classement des laboratoires selon la définition OMS du niveau « BSL » se révèle variable selon les pays, surtout dans les pays récemment équipés de BSL3.

Le classement des pathogènes et toxines en MOT (Micro-Organismes et Toxines) et leur conditions de manipulations dépend des autorités sanitaires de chaque pays avec des règlementations variables

Propositions d’actions et Recommandations :

• France : Mettre en place des règles d’autorisation à la mise en route des laboratoires BCL3 et BCL4,

• Créer une gouvernance nationale des « recherches à risque »

• Europe : Harmoniser le classement des MOTet renforcer une coordination.

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Mettre en place une gouvernance des « recherches à risques », pour que la France puisse coopérer

au sein de réseaux européens et internationaux. Aller vers une harmonisation des pratiques et des procédures,

dans des conditions éthiques de partage et de transparence.

§Conclusions

Cinq ans après le début de la crise Covid, le débat continue, avec de nombreux éditoriaux soulignent les gros enjeux politiques concernant les responsabilités. La CIA penche désormais pour une origine accidentelle dans un laboratoire à Wuhan, sans doute avec un virus modifié.

On sait que des recherches se poursuivent.

Quelle que soit l’opinion de chacun, chacune des hypothèses nous permet d’estimer des risques et d’émettre dans ce rapport des propositions d’actions concernant ces recherches scientifiques et médicales en virologie à mettre en place sans attendre une nouvelle épidémie.

Nous n’étions pas prêts. Désormais, « La question n’est pas de savoir SI une prochaine pandémie peut survenir, mais plutôt QUAND va t’elle survenir » (M. Van Kerkhove, OMS, Science, Jan 2025).

Il nous faut donc anticiper d’autant que de nouveaux risques existent du fait d’outils innovants en pleine expansion

La question n’est pas de bloquer des recherches mais d’accepter que certaines sont trop à risque pour être développées.

La coordination européenne et internationale doit être une priorité,

surtout dans le contexte actuel de blocages aux Etats Unis dont les répercutions mondiales sont déjà évidentes,

et alors que transparence et partage de données entre états sont plus que jamais essentiels.